Juden sind in Hameln bald nach der Pest (erstmals 1360) wieder nachweisbar, aber vermutlich in geringer Zahl. Ihre Anzahl war in Norddeutschland seit der Pest und den Vertreibungen allgemein stark zurückgegangen.
Im 16. Jahrhundert lebte über längere Zeit nur ein einziger Schutzjude in der Stadt. Er hieß Israel und wohnte mit seinem großen Haushalt in der "Oster-Bauernschaft".
Es gibt Hinweise darauf, dass sich die Offenheit des Rates gegenüber den Juden noch erhalten hat. 1535 setzte sich Hamelns Obrigkeit für die Abschaffung von Verspottungen von Juden ein. "Den Juden auf die Haut werfen" war als makabres Fastnachtsvergnügen verbreitet – immerhin ein Indiz, dass Teile der Stadtbevölkerung ihren Spott mit den Juden trieben. 1570 wurde ein Christ wegen "Gewalt an Juden" zu 6 Pfund Strafe verurteilt.
Gegen mehrere landesherrliche Judenvertreibungen, die häufig nur die Erpressung von Geld zum Ziel hatten, opponierte die Stadt oder setzte sich darüber hinweg. So "auffällig judenfreundlich" haben sich damals nur ganz wenige niedersächsische Städte verhalten.
Ab 1585 wurden die Freiheiten der Städte durch die Landesherren beschränkt. Die Stadt wurde in den absoluten Fürstenstaat eingegliedert und verlor ihre Selbständigkeit. Die städtischen Judenschutzrechte wurden faktisch annulliert. Der Landesherr entschied nun, ob Hameln Juden aufnehmen darf und legte ihre Anzahl und Aufenthaltsdauer fest. Die Judenpolitik des Landesherren wurde immer restriktiver.
1625 öffnete die Bürgerschaft den Truppen Tillys die Tore. Der Dreißigjährige Krieg zerbrach den früheren Wohlstand der Stadt auf lange Zeit. Wirtschaftlich und politisch lag die Stadt für lange Zeit am Boden.
© Bernhard Gelderblom Hameln